Se conoce como metagenómica al estudio de todos los genomas, es decir, al estudio de la secuencia total del material genético que poseen los microorganismos en un sitio en específico. Esto incluye la descripción taxonómica (es decir, la identificación de qué microorganismos están presentes y en qué cantidad), así como la caracterización de la capacidad funcional de sus genes (es decir, la descripción de qué pueden hacer los microorganismos). En otras palabras, permite el estudio de todos los microorganismos presentes en una muestra, incluso los que no se conocen, sin la necesidad de cultivarlos.
En Chile, esta herramienta aún no ha sido utilizada para el análisis microbiológico de los cuerpos lacustres y en este proyecto hemos demostrado que es posible caracterizar la microbiología asociada a distintos puntos del Lago Llanquihue mediante el uso de metagenómica. Para ello, hemos utilizado las metodologías de secuenciación "Shotgun metagenomic sequencing" y secuenciación de amplicones del gen 16S rRNA (16S Amplicon sequenging).
